Sepang fit une grande impression quand il est entré au calendrier de la F1 en 1999. Les pilotes ont aimé les grands espaces ouverts et les virages rapides et les installations au top. La course de 99 a vu l'une des plus grandes controverses de l'histoire récente où la F1 Ferrari de Eddie Irvine et Michael Schumacher ont été disqualifiées de la première et deuxième places pour déflecteurs illégaux, puis plus tard rétablies. Les deux courses suivantes ont également été dominées par les Ferrari. En 2000, Schumacher a connu une fête de championnat deux semaines après avoir remporté le titre au Japon, et, un an plus tard, lui et Rubens Barrichello ont organisé une remontée extraordinaire après avoir perdu près d'une minute en changeant pour des pneus pluie. Ralf Schumacher mit un terme à la domination de Ferrari lors de l'événement 2002, en remportant confortablement après que son frère Michael et son coéquipier Juan Pablo Montoya se soient affrontés au premier virage. Les deux ont remonté pour finir sur le podium, mais le Colombien a reçu la première pénalité "drive-through" de la F1 pour cet incident. McLaren a pris les honneurs en 2003, avec Kimi Raikkonen remportant une course pour la première fois.